软件著作权申请费用确实可以归类并计入企业的无形资产中。根据财务准则,无形资产涵盖了如著作权在内的非货币性资产,因此将申请费用作为无形资产处理是符合规定的。这样的处理不仅确保了财务报告的准确性,也维护了企业的财务合规性。