合同有效。根据《中华人民共和国电子签名法》等相关法律规定,电子签名与手写签名或盖章具有同等的法律效力。只要电子印章可靠,并且双方在合同中明确约定了电子签名的有效性,那么即使电子印章没有编号,使用该印章的合同仍然是有效的。不及时处理可能导致合同执行受阻,产生法律纠纷。